Modern Biyolojik bilimlerde kullanılan ileri metodlar. İşlenecek konular; Hipoteze ve yüksek işlem hacimli deneylere dayalı veri analizleri; DNA onarımı, DNA replikasyonu, gen anlatımı, hücre döngüsü, organel oluşumu, proteomiks ve genetik konularında son yıllarda yayınlanan araştırma makalelerinin tartışılması.

Proteomik ve fonksiyonu, kütle spektrometresi (MS), tandem MS, kimyasal ve posttranslasyonel modifikasyonlar, protein tanımlama, data analizi, protein kompleksleri, protein katlanması, MS genotipleme, geniş ölçekli çalışmalar; son yıllarda geliştirilen proteomik teknikleri ve uygulamaları; farklı hücre çeşitlerindeki protein etkileşimleri, sağlıklı ve hasta örneklerinin geniş ölçekli analitik karşılaştırma yöntemleri, hücresel iletişim yolları ve hücre içi organellerin ve hücre yüzeyinin proteomik analiz teknikleri.

Çeşitli mekanizmalar hücre çoğalmasını ve farklılaşmasını kontrol etmektedir. Bu ders farklı sinyal yolaklarını moleküler düzeyde inceleyecektir.Özellikle farklı hücre tiplerinde bulunan ortak sinyal yolakları incelenecektir.

Döllenmiş yumurtanın gelişimini tamamlayıp erişkin hale gelinceye kadar geçirdiği evreler, iki omurgalı (fare ve balık) ve iki omurgasız (sinek ve kurtçuk) model organizmada bu gelişim sürecini kontrol eden moleküler mekanizmalar; gövde planı ve organ oluşumu, morfogenez, rejenerasyon ve yaşlanma süreçleri.

Değişik nöronal hücrelerin işlevi ve memelilerde sinir sistemi ayrıntılı olarak işlenecektir. Ayrıca synaps bağlantıları ile bu yapıların öğrenme ve hafızaya etkileri ve neurodegenerative hastalıkların sebepleri tartışılacaktır.

Kanser oluşum ve gelişiminin moleküler ve hücresel temelleri, kanser tedavisiyle ilişkileri; kanser tedavisi, moleküler hedefe dayalı tedaviler, sitotoksik ilaçlar, yeni ilaç keşifleri, ilaç taşıma sistemleri, hücresel tedaviler ve gen tedavileri; araştırma ve derleme makalelerin tartışılması.

Mikrobiyal patogenezin temel prensipleri ve teknikleri prokaryotik ve ökaryotik patojenlerin hücreleri kullanarak nasıl hastalık oluşturdukları, bağışıklık sisteminin enfeksiyonlara karşı geliştirdiği savunma mekanizmaları, enfeksiyonlarda patojen ve konak faktörlerin rolü, patogenez mekanizmalarını ve ilişkili hastalıkları çalışmak için geliştirilen yeni teknikler.

Modern genom araştırmalarında kullanılan ileri teorik ve uygulamalı yöntemler; fonksiyonel genom bilimi ve sistem biyolojisindeki problemleri çözmede kullanılan klasik ve yeni yaklaşımlar; modern sekans teknikleri ve biyomedikal araştırmalardaki kullanımları.

Organel oluşumu, organellerin miktarını ve fonksiyonunun düzenlenmesi, organellerin birbiriyle etkileşimi ve işbirliği; proteinlerin ve diğer makromoleküllerin organel içinde sentezi ve dışarıdan alımı; organel fonksiyonundaki eksikliklerden kaynaklanan hastalıklar.

Makine mühendisliğinde sıkça kullanılan temel matematik formülasyonları: tensör cebiri, indis notasyonu, koordinat çevrimleri, indis notasyonunda temel tensör operasyonları. Birimler ve birim sistemleri arası çevrimler. Temel makina mühendislik kavramları ve mekanik tasarımdaki kullanımları. Mekanik tasarımın temelleri: Yapılardaki kuvvetler, malzemeler ve gerilimler, malzeme seçimi. Makine mühendisliğinin ana uzmanlık alanları. Tasarım süreci ve takım projelerinde pratik deneyim kazanımı.

Metaller, seramik ve camlar, polimerler ve kompozit malzemelere giriş. Kristal yapı ve bozuklukları. Malzemelerin elastik ve plastik deformasyonu. Sertlik. Sürünme ve gerilim gevşemesi. Viskoelastik deformasyon. Isıl davranış. Yıkım analizi. Evre çizelgeleri. Isıl işlem.

Birinci ve ikinci kanunlar. Enerji koruma ve entropi. Soğutma devreleri, enerji ve güç sistemleri, iç yakımlı makineler gibi mühendislik sistemlerin analizleri. Durum denklemleri ve gaz karışımları için p-v-T ilişkileri.

Kinematik, Kinetik, Kuvvet-İvme, Is-Enerji, Impuls-Momentum Prensipleri.

Kararlı/kararsız hal ısı transferi. Konveksiyon ısı transferi. İçsel ve dışsal akımlar. Işınım ısı transferi. Isı değiştiricisi tasarımı ve analizi.

Makina sistemlerinin modellemesi ve dinamik analizi. Geribesleme kontrol teknikleri.

Malzeme: metallerin atomik yapısı, mekanik özellikler için testler, fiziksel özellikler, ısıl işlemler, demir ve çelikler, diğer metaller, polimerler ve kompozit malzemeler. Yöntemler: döküm, haddeleme, dövme, ekstrüzyon, sac plastik şekillendirme yöntemleri, toz metalürjisi, polimer ve kompozit üretim yöntemleri, hızlı prototipleme ve talaşlı imalat (torna ve freze işlemleri). Mühendislik ölçümleri ve cihazları. CNC kodlama ve simülasyona giriş.

MATLAB?de programlamaya giriş; hesaplama temelleri; kök bulma; direkt ve yinelemeli lineer cebir çözümü; çok değişkenli nonlineer cebir çözümü; eğri uydurma; sayısal türev ve integral; Euler ve FDM sayısal yöntemleriyle ODE ve PDE türevsel denklemlerinin sayısal çözümlemesi; ilk-zamanlı, sınır-değerli, Laplace ve ısı denklemi mühendislik problemlerinin sayısal çözümlemesi.

Zorlama analizi için hesaplamalı bir yöntem olarak sonlu elemanlar metoduna (SEM) giriş. Linear elastik örnekler üzerinden temel teori ve SEM'in çeşitli mühendislik problemlerine uygulanması: zorlama analizi, özfrekans ve özsalınımlar, ısı trasferi, mikro ve nano yapıların mekaniği. SEM için basit bilgisayar programı yazılması, ve profesyonel programların öğrenilmesi.

Akışkanlar mekaniği ve ısı transferi problemlerinde karşılaşılan eliptik, parabolik ve hiperbolik kısmi diferansiyel denklemlerin çözümü için sayısal yöntemler. Sonlu-farklar, sonlu-hacimler ve bir miktar da sonlu-elemanlar yöntemleri. Doğruluk, yakınsama ve kararlılık; sınır şartları ve çözüm ağı oluşturma. Günümüzde kullanılan popüler sayısal yöntemler. Ödev ve projelerde dijital bilgisayarlarda programlama gerekebilir.

MEMS malzemelerinin ve imalat usullerinin tanıtımı; mekanik kavramlar ve bileşenler; çevirim ilkeleri; MEMS algılayıcılar.

Öğrencilerin fen ve mühendislik bilgilerini bir makina mühendisliği projesinde uyguladıkları bir tasarım dersi. Gerçekçi koşullar ve kısıtlar altında bir grup projesinin geliştirilmesi, tasarımı, uygulaması ve yönetimi. İletişim, takım çalışması ve sunum becerilerine ağırlık verilir.

Makine Mühendisliği alanında edinilen bilgilerin endüstri uygulaması olan bir proje çerçevesinde hayata geçirilmesi. Proje çalışması bir öğretim üyesi danışmanlığında olmak koşulu ile bireysel olarak yapılabileceği gibi grup olarak da yapılabilir.